מטרת הטיפול הזוגי היא לאפשר לבני הזוג לשפר את הקשר ביניהם ולשפר את ההתנהלות המשותפת במערכות החיים השונות. במהלך הטיפול מבררים מה הם הצרכים של כל אחד מבני הזוג ומלמדים את בן הזוג האחר כיצד לפגוש אותם.
בשיטת 'תרפיה מותאמת אדם', רוב הפגישות נעשות בנפרד – המטפל נפגש בנפרד עם כל אחד מבני הזוג. מטרת הפגישות הפרטניות היא לברר ולתקן את עמדתו ואת יכולת תפקודו של הפרט במערכת הזוגית הקיימת, ובכלל. הפגישות הזוגיות נעשות בתדירות נמוכה יותר, והן דרושות בעיקר לבניית חוזה ולמפגשים פונקציונאליים. הטיפול הזוגי, הוא תהליך מתקן המאפשר מפגש מחודש בין בני הזוג בביתם ובסביבתם היומיומית. המפגש המחודש הוא תוצר של תהליכים פרטניים אותם עוברים שני בני הזוג, כל אחד בנפרד.
הטיפולים הזוגיים הנפוצים, נעשים כאשר שני בני הזוג יושבים יחד מול מטפל. פעמים רבות בסוג כזה של טיפול זוגי, בן הזוג יושב בחדר ומחמיץ פנים כנגד בן הזוג השני. עם צאתם מהחדר, הם פורקים את כעסם ותסכולם על מה שנאמר, או על מה שלא נאמר.
במסגרת שבה מתקיים תהליך פרטני לצד תהליך זוגי, כפי שמוצע ב'תרפיה מותאמת אדם', מתאפשר בירור נוח יותר של ההיבטים החשובים בזוגיות, ושל הטיפול בהם: בירור והבנה של הקשר האינטימי והמיני; בירור והבנה של המטען האישי אותו הביא כל אחד מבני הזוג אל הזוגיות; הגדרת משימות ומטלות אישיות אותן מקבלים בנפרד שני בני הזוג, משימות הנוגעות לקשר הזוגי, לקשר ההורי ולתפקוד בבית.
העובדה שרק אחד מבני הזוג נמצא בפגישה עם המטפל, מסייעת להכנתו לקראת המפגש המחודש עם בן הזוג השני. המשימות והמטלות מאפשרות מפגשים מחודשים, מעמדה נכונה וטובה יותר ונושאות אופי מתקן.
בפגישה פרטנית בתהליך זוגי, מביטים ובוחנים, המטפל והמטופל, את חיי הזוגיות והתפקוד הרגשי. בתוך כך מגיעים להבנה, שיכולתו ואופן תפקודו של אחד מבני הזוג, אינה תלויה באחר. האישה לומדת שיכולתה הבסיסית לתפקד אינה תלויה בבעלה, והגבר לומד שתפקודו הבסיסי אינו תלוי באשתו. ההבנה, שהמפגש בין בני הזוג הוא מפגש של שתי מערכות פסיכופתולוגיות - שני מטענים של קיבעונות והגנות, מהווה את הבסיס לטיפול הזוגי. המערכות הפסיכופתולוגיות נושאות את כל מה שהגבר והאישה ספגו בביתם המגדל, הרבה לפני שנפגשו והפכו לזוג. מערכות פסיכופתולוגיות אלה, כוללות את עמדתם הרגשית ואת רמת תפקודם, והן אלה המשבשות את איכות חייהם של בני הזוג.
בתהליך הזוגי, בני הזוג מפנימים, כל אחד בנפרד, את חשיבותה של ההבנה לגבי המטען האישי איתו הגיעו לקשר, ואת חשיבות הטיפול בו. הבירור אינו תלוי בדמותו ובהשפעתו של בן הזוג ומתמקד באישיות של כל אחד מהם בנפרד.
הבירור לגבי מימד ההובלה בקשר הזוגי הוא חלק חשוב בתהליך הטיפול הזוגי ב'תרפיה מותאמת אדם'. מאפיין של זוגיות הוא שלאחר שלב החיבור בין בני הזוג, יש תנועה משותפת אותה מוביל אחד מבני הזוג. ההובלה והדומיננטיות מתקיימות אצל כל הזוגות ללא יוצא מן הכלל, ואינן נושאות בהכרח היבטים שליליים.
זוג, גבר ואישה, אינם נושאים אותה עמדה, אינם מכילים אותו מימד של מטען רגשי ואינם שווים באופן מדויק – לא בהשפעתם על דרך החיים ואופי הבית, ולא בהשפעה על חייהם של הילדים. המפתח לתיקון ולשיפור חיי הנישואין והמשפחה נמצא רק אצל אחד מבני הזוג. אין זה אומר שצד אחד אחראי והצד השני פטור, אלא, שאחד מבני הזוג נושא באחריות גדולה יותר. בטיפול זוגי יש התייחסות למימד ההובלה והעמדה שנושא כל אחד מבני הזוג.
כלי חשוב בטיפול זוגי ב'תרפיה מותאמת אדם', הוא חוזה. החוזה בטיפול הזוגי, הוא מסגרת כללים ועשיות, המבטיחים התנהלות זוגית ומשפחתית מבוקרת ומוקפדת, השומרת על רמה סבירה של קשר זוגי ומשפחתי במהלך הטיפול, ומספקת "שקט תעשייתי" המאפשר תהליך תיקון. סעיפי החוזה נראים לעיתים כדבר זניח ושטותי בעת שגרה של חיים וזוגיות תקינים, אך הם מסתמנים כחשובים וחיוניים בעת משבר.
בחוזה סעיפים הנוגעים לכל היבטי החיים הזוגיים: תיקשורת, מיניות, אירועים מהעבר, התנהלות בשעת מתח וכעס, וצרכים קיומיים.
החוזה בטיפול הזוגי הוא בעל ערך חשוב והכרחי. הוא לא רק כלי השומר על קשר תקין בין בני הזוג במהלך הטיפול, אלא מהווה בסיס חשוב המתקן ומשפר את תפקודם הזוגי, תפקודם הרגשי ועמדתם ההורית של בני הזוג בימים של שגרה. החוזה בטיפול הזוגי מחייב את שני בני הזוג לעשות לשנות ולשפר את תפקודם.
במרכז התיקון המעשי לשיפור החיים המשותפים, עומד המפגש של עולם הצרכים. כל אחד מבני הזוג לומד לפגוש את צרכיו של האחר. מפגש צרכים זה הוא מקום המפצה את שני בני הזוג על החסר – הן בעולם האינטימיות, המין והרגש, והן במרחב התפקודי הפונקציונאלי של הבית ושל המשפחה. התהליך האישי אותו עובר כל אחד מבני הזוג, מכוון לשתי מגמות: עשה, ואל תעשה. מה שהיה חסר ולא נעשה, מן הראוי שיעשה, ומה שנעשה לשלילה, ייעצר ויפסק.
טיפול זוגי נמשך מספר חודשים בלבד. לאחריו, יש מימד של נסיגה. אילו היה ניתן, לו היה זה אפשרי, כל זוג היה מקבל מלווה מקצועי לכל החיים. המלווה היה מפקח ומנחה בכל מערכות החיים, לרבות המערכת ההורית.